AzActivisionakciójátékának folytatása ismételten a leromboltNew York City-be viszi el a játékost. Ám a főhős immáron nem Alex Mercer, hanem egyJames Hellernevű katona, aki eredetileg Mercer-en kívánt bosszút állni – ám az események érdekes fordulatot vettek.
Új hősünknek aBlack vírus-nak egy speciálisan mutálódott változatát adták be, aminek következtében új képességek birtokába került. Így például képes már pusztán a gondolathullámok által megtalálni a célszemélyt vagyPókembermódjára behálózni az ellenfeleit.
A Prototype 2-t ugyanaz aRadical Entertainemntfejlesztette, akik az előző epizódot is, nagy figyelmet fordítva az elődöt ért kritikákra.